Die erste urkundliche Erwähnung Isens erfolgte im Jahre 747. Bischof Josef von Freising, der zweite Nachfolger des Hl. Korbinian, baute die Zelle Isen zu einem lebensfähigen Benediktinerkloster aus. Die erste Kirche in Isen ist 752 beurkundet. Das Kloster Isen zählte zu den ältesten Klöstern auf altbayerischem Boden. Von ihm strömte schon im 8. Jahrhundert christliche Kultur in die umgebenden Lande. Das Kloster Isen wandelte sich früh schon zum Kollegiatstift St. Zeno, das bis zur Säkularisation 1802 erfolgreich wirkte.
Die Ungarneinfalle im 10. Jahrhundert fügten dem aufstrebenden kirchlichen Leben schweren Schaden zu. Stiftisches Leben erwacht in Isen erst wieder um 1100 unter den Augustiner Chorherren.
Den schönsten Zeugen des Kollegiatstiftes stellt die ehemalige Stiftskirche St. Zeno dar. Um 1200 als dreischiffige Pfeilerbasilika durch Probst Ulrich vollendet, birgt sie ein herrliches romanisches Portal, eine sehenswerte zweiteilige Krypta und eine stolze Vorhalle von 1410. Das barocke Kleid erhielt St. Zeno 1699. Wie die kirchlichen, wandelten sich auch die politischen Verhältnisse im oberen Isental bereits in früheren Zeiten. Die Bischöfe von Freising erlangten im Laufe der Zeit die Hoheitsrechte in unserer Heimat. Das kleine bischöfliche Territorium ging unter dem Namen „Herrschaft Burgrain" in die Geschichte ein.
Ein Jahrtausend wurde die Geschichte Isens und des oberen Isentales Herrschaftsgeschichte. Die Gründung der Herrschaft Burgrain legt der Chronist in das Jahr 808, da Bischof Atto die Burg Burgrain mit den dazugehörigen Gütern von dem Fagan Rifwin durch Tausch erwarb. Verwaltungssitz der Herrschaft war Isen. Der Herrschaftsverwaltung unterstand auch der Magistrat des Marktes. Das Stift St. Zeno bildete einen selbständigen Verwaltungskörper. Heute noch zeigen eine Reihe von mächtigen Grenzsteinen - meist aus dem Jahre 1725 - die ehemalige Herrschaftsgrenze. Im Jahre 1434 erhielt Isen von Kaiser Sigismund durch Vermittlung des Bischofes Nikodemus die Marktrechte verliehen.
Das Marktwappen bekam die Bürgerschaft 1548 von Kaiser Karl V. In Isen und im Herrschaftsgebiet erblühte ein reiches Zunftleben. Der Donner der Geschütze aus der Schlacht von Hohenlinden im Jahre 1800 leitete für unsere engere Heimat eine neue Zeit ein. Die Herrschaft Burgrain, das Stift St. Zeno und der alte Magistrat endeten mit der Säkularisation. Das obere Isental wurde bayerisch, die Gemeinden entstanden.
Die Gemeinden Westach, Schnaupping und Isen schlossen sich 1971 zur Marktgemeinde Isen zusammen. Durch die Gebietsreform wurde der Landkreis Wasserburg am 01. Juli 1972 aufgelöst. Die Gemeinden Isen und Mittbach kamen zum Landkreis Erding. Die Gemeinde Mittbach wurde zum 01. Mai 1978 eingemeindet. Die Fläche des Gemeindegebietes beträgt nunmehr 4389 Hektar. 1983 wurde die Gemeindepartnerschaft zwischen dem Markt Isen und der Gemeinde Ernstbrunn/Niederösterreich besiegelt. 1984 feierte die Marktgemeinde 550 Jahre Markterhebung und 1997 das 1250-jährige Jubiläum der ersten urkundlichen Erwähnung.
Mit über 5.100 Einwohnern ist Isen die viertgrößte Gemeinde im Landkreis Erding.
Ein Reihe von mittelständischen Handwerksbetrieben, einige Industriebetriebe, Einzelhandels- und Dienstleistungsbetriebe sowie die Landwirtschaft prägen den Markt.
Zahlreiche Vereine bieten ein breitgefächertes Freizeitangebot.
Das jährlich stattfindende Volksfest (Ende Juni/Anfang Juli) ist nur eine der vielen Veranstaltungen, die Möglichkeiten zum geselligen Beisammensein bieten.